故事发生在德川幕府第二十五代将军德川庆康统治下的日本，德川家设立了武应学园，并组织了学生会，用以对抗还试图顽固抵抗的丰臣一派。柳生宗朗（平川大辅 配音）是武应学园的高材生，一天，当他正在道场里练习时，一位名叫柳生十兵卫（悠木碧 配音）的美少女从天而降，柳生就这样莫名其妙的多了一个“妹妹”，和十兵卫开始了同居生活。